Verona ha la caratteristica di onservare gelosamente, nei suoi recessi, alcuni siti di singolare mistica quiete, sono essi a 2 passi dal convulso traffico delle vie centrali.
Uno di questi luoghi è la chiesa di San Matteo con Cortile, che sorge in posizione leggermente sopraelevato nelle vicinanza di Porta Borsari.
In Epoca Romana il luogo era probabilmente dedicato al Dio Giano.
Il primo documento riguardante San Matteo è una donazione del 1105 di una parte della chiesa all'abbazia benedettina di Pomposa.
L'esistenza della chiesa come luogo di culto continuò con alterne vicende fino al 1806, anno in cui veniva soppressa sul finire del secolo scorso.
Durante la Prima Guerra Mondiale fu adibita a magazzino ed a lavanderia per le basi militari del vicino fronte; in seguito, dopo interventi di risanamento, la chiesa fu adibita a labortatorio artigiano di falegnameria.